- a -

• add_root() : RNAstruct.h
• alifold() : alifold.h
• aliLfold() : Lfold.h
• alimake_pair_table() : utils.h
• alipbacktrack() : alifold.h
• alipf_circ_fold() : alifold.h
• alipf_fold() : alifold.h
• alipf_fold_par() : alifold.h
• aliPS_color_aln() : PS_dot.h
• alloc_sequence_arrays() : alifold.h
• assign_plist_from_db() : fold.h
• assign_plist_from_pr() : part_func.h

- b -

• b2C() : RNAstruct.h
• b2HIT() : RNAstruct.h
• b2Shapiro() : RNAstruct.h
• backtrack_GQuad_IntLoop() : gquad.h
• backtrack_GQuad_IntLoop_L() : gquad.h
• bppm_symbol() : part_func.h
• bppm_to_structure() : part_func.h

- c -

• centroid() : part_func.h
• circalifold() : alifold.h
• circfold() : fold.h
• co_pf_fold() : part_func_co.h
• co_pf_fold_par() : part_func_co.h
• cofold() : cofold.h
• cofold_par() : cofold.h
• compute_probabilities() : part_func_co.h
• constrain_ptypes() : utils.h
• convert_parameter_file() : convert_epars.h
• copy_pair_table() : utils.h

- d -

• destroy_TwoDfold_variables() : 2Dfold.h
• destroy_TwoDpfold_variables() : 2Dpfold.h

- e -

• E_Hairpin() : loop_energies.h
• E_IntLoop() : loop_energies.h
• E_Stem() : loop_energies.h
• encode_ali_sequence() : alifold.h
• energy_of_alistruct() : alifold.h
• energy_of_circ_struct() : fold.h
• energy_of_circ_struct_par() : fold.h
• energy_of_circ_structure() : fold.h
• energy_of_move() : fold.h
• energy_of_move_pt() : fold.h
• energy_of_struct() : fold.h
• energy_of_struct_par() : fold.h
• energy_of_struct_pt() : fold.h
• energy_of_struct_pt_par() : fold.h
• energy_of_structure() : fold.h
• energy_of_structure_pt() : fold.h
• exp_E_Hairpin() : loop_energies.h
• exp_E_IntLoop() : loop_energies.h
• exp_E_Stem() : loop_energies.h
• expand_Full() : RNAstruct.h
• expand_Shapiro() : RNAstruct.h
• expHairpinEnergy() : part_func.h
• expLoopEnergy() : part_func.h
• export_ali_bppm() : alifold.h
• export_bppm() : part_func.h
• export_co_bppm() : part_func_co.h
• export_cofold_arrays() : cofold.h
• export_cofold_arrays_gq() : cofold.h

- f -

• find_saddle() : findpath.h
• fold() : fold.h
• fold_par() : fold.h
• free_alifold_arrays() : alifold.h
• free_arrays() : fold.h
• free_co_arrays() : cofold.h
• free_co_pf_arrays() : part_func_co.h
• free_interact() : part_func_up.h
• free_path() : findpath.h
• free_pf_arrays() : part_func.h
• free_profile() : profiledist.h
• free_pu_contrib_struct() : part_func_up.h
• free_sequence_arrays() : alifold.h
• free_tree() : treedist.h

- g -

• get_alipf_arrays() : alifold.h
• get_boltzmann_factor_copy() : params.h
• get_boltzmann_factors() : params.h
• get_boltzmann_factors_ali() : params.h
• get_centroid_struct_pl() : part_func.h
• get_centroid_struct_pr() : part_func.h
• get_concentrations() : part_func_co.h
• get_gquad_matrix() : gquad.h
• get_iindx() : utils.h
• get_indx() : utils.h
• get_input_line() : utils.h
• get_line() : utils.h
• get_monomere_mfes() : cofold.h
• get_mpi() : alifold.h
• get_path() : findpath.h
• get_pf_arrays() : part_func.h
• get_plist() : part_func_co.h
• get_scaled_alipf_parameters() : params.h
• get_scaled_parameters() : params.h
• get_scaled_pf_parameters() : params.h
• get_subseq_F() : part_func.h
• get_TwoDfold_variables() : 2Dfold.h
• get_TwoDpfold_variables() : 2Dpfold.h
• get_TwoDpfold_variables_from_MFE() : 2Dpfold.h
• gmlRNA() : PS_dot.h

- h -

• HairpinE() : fold.h
• hamming() : utils.h
• hamming_bound() : utils.h

- i -

• init_co_pf_fold() : part_func_co.h
• init_pf_fold() : part_func.h
• init_pf_foldLP() : LPfold.h
• init_rand() : utils.h
• initialize_cofold() : cofold.h
• initialize_fold() : fold.h
• int_urn() : utils.h
• inverse_fold() : inverse.h
• inverse_pf_fold() : inverse.h

- l -

• Lfold() : Lfold.h
• Lfoldz() : Lfold.h
• loop_energy() : fold.h
• LoopEnergy() : fold.h

- m -

• Make_bp_profile() : profiledist.h
• Make_bp_profile_bppm() : profiledist.h
• make_loop_index_pt() : utils.h
• make_pair_table() : utils.h
• make_pair_table_snoop() : utils.h
• Make_swString() : stringdist.h
• make_tree() : treedist.h
• MEA() : MEA.h
• mean_bp_dist() : part_func.h
• mean_bp_distance() : part_func.h
• mean_bp_distance_pr() : part_func.h

- n -

• nrerror() : utils.h

- p -

• pack_structure() : utils.h
• parenthesis_structure() : fold.h
• parenthesis_zuker() : fold.h
• parse_gquad() : gquad.h
• parse_structure() : RNAstruct.h
• pbacktrack() : part_func.h
• pbacktrack_circ() : part_func.h
• pf_circ_fold() : part_func.h
• pf_fold() : part_func.h
• pf_fold_par() : part_func.h
• pf_interact() : part_func_up.h
• pf_unstru() : part_func_up.h
• pfl_fold() : LPfold.h
• pfl_fold_par() : LPfold.h
• print_bppm() : profiledist.h
• print_tree() : treedist.h
• print_tty_constraint() : utils.h
• print_tty_constraint_full() : utils.h
• print_tty_input_seq() : utils.h
• print_tty_input_seq_str() : utils.h
• profile_edit_distance() : profiledist.h
• PS_dot_plot() : PS_dot.h
• PS_dot_plot_list() : PS_dot.h
• PS_rna_plot() : PS_dot.h
• PS_rna_plot_a() : PS_dot.h
• putoutpU_prob() : LPfold.h
• putoutpU_prob_bin() : LPfold.h

- r -

• random_string() : utils.h
• read_parameter_file() : read_epars.h
• read_record() : utils.h
• readribosum() : alifold.h

- s -

• scale_parameters() : params.h
• set_model_details() : fold_vars.h
• simple_circplot_coordinates() : plot_layouts.h
• simple_xy_coordinates() : plot_layouts.h
• space() : utils.h
• ssv_rna_plot() : PS_dot.h
• str_DNA2RNA() : utils.h
• str_uppercase() : utils.h
• string_edit_distance() : stringdist.h
• subopt() : subopt.h
• subopt_circ() : subopt.h
• subopt_par() : subopt.h
• svg_rna_plot() : PS_dot.h

- t -

• time_stamp() : utils.h
• tree_edit_distance() : treedist.h
• TwoDfold_backtrack_f5() : 2Dfold.h
• TwoDfoldList() : 2Dfold.h
• TwoDpfold_pbacktrack() : 2Dpfold.h
• TwoDpfold_pbacktrack5() : 2Dpfold.h
• TwoDpfoldList() : 2Dpfold.h

- u -

• unexpand_aligned_F() : RNAstruct.h
• unexpand_Full() : RNAstruct.h
• unpack_structure() : utils.h
• unweight() : RNAstruct.h
• update_alifold_params() : alifold.h
• update_co_pf_params() : part_func_co.h
• update_co_pf_params_par() : part_func_co.h
• update_cofold_params() : cofold.h
• update_fold_params() : fold.h
• update_pf_params() : part_func.h
• update_pf_params_par() : part_func.h
• update_pf_paramsLP() : LPfold.h
• urn() : utils.h

- w -

• warn_user() : utils.h
• write_parameter_file() : read_epars.h

- x -

• xrealloc() : utils.h
• xrna_plot() : PS_dot.h

- z -

• zukersubopt() : cofold.h
• zukersubopt_par() : cofold.h