- a -

• aligned_line : dist_vars.h

- b -

• backtrack_type : fold_vars.h
• base_pair : fold_vars.h

- c -

• canonicalBPonly : fold_vars.h
• circ : fold_vars.h
• cost_matrix : dist_vars.h
• csv : fold_vars.h
• cut_point : fold.h , fold_vars.h
• cv_fact : alifold.h

- d -

• dangles : fold_vars.h
• density_of_states : subopt.h
• do_backtrack : fold_vars.h

- e -

• edit_backtrack : dist_vars.h
• energy_set : fold_vars.h
• eos_debug : fold.h

- f -

• F_monomer : part_func_co.h
• final_cost : inverse.h
• fold_constrained : fold_vars.h

- g -

• give_up : inverse.h
• gquad : fold_vars.h

- h -

• helix_size : RNAstruct.h

- i -

• iindx : fold_vars.h
• inv_verbose : inverse.h

- j -

• james_rule : fold_vars.h

- l -

• logML : fold.h , fold_vars.h
• loop_degree : RNAstruct.h
• loop_size : RNAstruct.h
• loops : RNAstruct.h

- m -

• mirnatog : part_func_co.h

- n -

• nc_fact : alifold.h
• no_closingGU : fold_vars.h
• noGU : fold_vars.h
• noLonelyPairs : fold_vars.h
• nonstandards : fold_vars.h

- o -

• oldAliEn : fold_vars.h

- p -

• pairs : RNAstruct.h
• pf_scale : fold_vars.h
• pr : fold_vars.h
• print_energy : subopt.h

- r -

• ribo : fold_vars.h
• RibosumFile : fold_vars.h
• rna_plot_type : plot_layouts.h

- s -

• st_back : part_func.h
• subopt_sorted : subopt.h
• symbolset : inverse.h

- t -

• temperature : fold_vars.h
• tetra_loop : fold_vars.h

- u -

• uniq_ML : fold.h
• unpaired : RNAstruct.h

- x -

• xsubi : utils.h